A dicha consulta del Alto Tribunal español quedará condicionada la aplicación efectiva de la norma porque, aunque es posible que transcurridos los dos meses previstos para su aplicación «urgente», alguno de los encausados puedan beneficiarse de su contenido, la mayor parte de los procesados o condenados tendrán que esperar al pronunciamiento tanto de la Justicia europea, como de la Corte de Garantías. Ambos órganos tendrán que determinar si la Ley de Amnistía es admisible, especialmente, en los dos delitos más controvertidos: el terrorismo y la malversación.
No en vano, el criterio cuasi unánime de jueces, fiscales y catedráticos pasa por que la cuestión prejudicial que podría plantear el Supremo, tras la entrada en vigor de la polémica norma, conlleva la suspensión inmediata de su aplicación. En el caso de los recursos de inconstitucionalidad que, también, han anunciado tanto comunidades autónomas como partidos políticos, no paralizarán la ley, aunque sí cabe que el TC suspenda cautelarmente los efectos, mientras resuelve sobre el fondo de la cuestión.
El punto más delicado es el que afecte a las medidas cautelares vigentes, en aquellos casos en los que ya hubiesen sido dictadas o las órdenes de detención activas. En este caso, el Tribunal tendrá que atender al criterio del juez instructor encargado del asunto concreto, el magistrado Pablo Llarena.
Si bien la Ley se pronuncia de manera expresa sobre este particular, aunque no lo hiciera, una vez la Amnistía entre en vigor, «lo que correspondería será dejar sin efecto las mismas y discutir la validez de la norma», planteamiento no unánime.