El juicio se desarrollará durante el 3 y el 19 de febrero.
Rubiales, que tres semanas después de aquel día, el 10 de septiembre de 2023, se vio obligado a dejar la presidencia de la Federación tras el gigantesco revuelo mediático que generó su acción, se enfrenta a una petición de la Fiscalía de dos años y medio de cárcel por agresión sexual (1 año) y coacciones (1 año y seis meses). Junto a él, acusados de coaccionar a Hermoso para que dijera que el beso fue consentido, serán juzgados tres de sus colaboradores: el exdirector deportivo de la selección masculina Albert Luque, el exentrenador del equipo femenino Jorge Vilda y el antiguo responsable de Marketing de la Federación, Rubén Rivera. Para ellos, el Ministerio Público pide 1 año y 6 meses de prisión.
Durante el periodo de instrucción Rubiales defendió su inocencia, afirmando que nunca quiso invadir la libertad sexual de Hermoso, que el beso fue «fugaz» y que no tuvo lugar en un marco de intimidación previo, sino en un ambiente «festivo y de celebración». La selección española acababa de derrotar en la final a Inglaterra por 1-0, consiguiendo el primer título mundial de su historia (el segundo, si se tiene en cuenta al equipo masculino).
Por otro lado, destacó ante el juez instructor que el beso se produjo «como una muestra de alegría» entre dos personas que tenían «una buena relación previa». También señaló que, antes de dárselo, le preguntó si le podía dar un «besito». «Ningún agresor sexual pregunta ni recaba el consentimiento de la víctima antes de acometer un acto que lesione la libertad e indemnidad sexual», sostuvo la defensa del expresidente.
Asimismo, sus abogados acusaron a la jugadora de modificar su percepción inicial de lo que «realmente» había ocurrido, argumentando que la futbolista cambió de opinión a medida que pasaba el tiempo «y las redes sociales y los medios de comunicación hicieran del beso el centro de atención de comentarios, valoraciones, insultos y descalificaciones hacia Rubiales». La acción de Rubiales, así como la polémica que se desató inmediatamente después, provocó que el éxito deportivo pasara a un segundo plano. En los días posteriores, la presión aumentó hasta tal punto que dio una rueda de prensa en la sede de la Federación para dar explicaciones, donde aseguró, visiblemente enfadado, que no dimitiría, «que iría hasta el final», y que el beso fue «un piquito» espontáneo, mutuo, eufórico y consentido. Finalmente, acabó renunciando a su puesto.
Tras tomar declaración a ambos, el juez de la Audiencia Nacional Francisco de Jorge propuso juzgar a Rubiales al considerar que el beso no fue consentido y que actuó de forma unilateral y sorpresiva. Sobre el papel de Luque, Vilda y Rivera, indica que existió «una acción concertada» acordada con el expresidente de la Federación «para doblegar la voluntad de Hermoso y conseguir que accediera a grabar un vídeo en el que dijese que el beso había sido consentido».