El Ministerio Público considera que «se compartan o no las motivaciones políticas, ideológicas o incluso filosóficas» de los impulsores de la ley, los cerca de 40 empresarios y ex altos cargos de Puigdemont procesados por el 1-O deben ser amnistiados, debido a que sus actuaciones se ciñeron a la financiación y organización del referéndum independentista ilegal, por lo que están incluidas en la amnistía.
En su escrito, la Fiscalía deja al margen de la amnistía dos gastos concretos, el servicio de limpieza y una auditoría, ambos encargados por el Diplocat, por considerar que no están vinculados con el procés. Sólo por esos contratos, el fiscal pide llevar a juicio a los ex secretarios generales de la institución Roser Clavell y Albert Royo.
Así, el fiscal se desmarca de la tesis del Tribunal Supremo y pide a la Audiencia de Barcelona que amnistíe también el delito de malversación porque, de lo contrario, se dejaría «vacío de contenido» lo dispuesto en la ley. La malversación se suma a los delitos de prevaricación, falsedad documental y desobediencia por los que fueron procesados los organizadores del referéndum.
El Juzgado de Instrucción número 13 de Barcelona, procesó por la logística del referéndum independentista a una treintena de miembros del sottogoverno de Carles Puigdemont, entre ellos los ex directores de la CCMA, TV3 y Catalunya Ràdio, Núria Llorach, Vicenç Sanchis y Saül Gordillo, respectivamente. También entran en esta nómina el que fuera director de la delegación del Govern ante la Unión Europea, Amadeu Altafaj, y la ex interventora de la Generalitat, Rosa Vidal. A este número se añadieron los investigados en el Juzgado de Instrucción número 18 de Barcelona por los gastos del procés en el exterior, entre los que figuraba Raül Romeva.
En su escrito para amnistiar al sottogoverno de Puigdemont la Fiscalía concluye que los ex altos cargos procesados «dirigieron, promovieron y participaron activamente» en la ejecución de una «estrategia» dirigida a la celebración del referéndum, «cada uno de ellos dentro de su nivel de responsabilidad», pese a que había sido suspendido por el Constitucional.
En concreto, detalla que el Gobierno siguió la estrategia de «diluir la responsabilidad individual», mediante la colaboración de varios departamentos de la Generalitat, «para dificultar cualquier tipo de obstaculización que pudiera provenir del Estado». Entre los actos que la Fiscalía atribuye a los procesados, y que considera amnistiables, figuran la disposición de fondos y recursos públicos para financiar el 1-O, la elaboración de una página web informativa, el aplicativo de registros de catalanes en el exterior, el registro de voluntarios, las campañas de comunicación institucional y las del Diplocat. Otras de las actividades atribuidas a los procesados y que también deben quedar amnistiadas, según la Fiscalía, son el proceso de nombramiento y comunicación formal de los miembros de las mesas electorales del 1-O, que varias consejerías encargaron a la empresa Unipost, y la elaboración del censo electoral mediante todos los registros públicos de propiedad de la Generalitat.
En este procedimiento estuvieron investigados también los diputados de ERC Josep Maria Jové y Lluís Salvadó, ex altos cargos de la consejería de Vicepresidencia y Economía liderada por Oriol Junqueras, aunque su caso, al igual que el de la ex consejera de Cultura, Natàlia Garriga, quedó en manos del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña al estar aforados. Con los tres procesados pendientes de juicio, el TSJC paralizó en julio del pasado año la aplicación de la amnistía a Jové y Salvadó y elevó la ley al Constitucional y a la justicia europea al cuestionar que el delito de malversación deba ser perdonado.