Nacido en Madrid en 1965, Muñagorri procede de una familia de empresarios vascos afincados en Madrid; de hecho, su padre regentaba las históricas papelerías Miguel Muñagorri. Con una gran querencia por la tierra de origen de su familia, se formó como cocinero en la Escuela Superior de Hostelería de San Sebastián (1993-96) y durante muchos años trabajó en algunos de los enclaves más importantes de Guipúzcoa, como Casa Nicolasa (San Sebastián), Zuberoa (la casa del mítico Hilario Arbelaitz, con una Estrella Michelin, en Oiartzun) o en la Marisqueria Txirpi (Aginaga, Usúrbil). Fue especialmente relevante en su formación su paso por Juan Mari Humada (San Sebastián), un espacio que contaba entonces con una Estrella Michelin, y en el que se especializó en pinchos de barra y cocina tradicional de mercado. De ahí saltó a otros restaurantes de la provincia, como Kuluxka, Urbano, Itxaspe o El Anzuelo, e incluso cruzó el charco para trabajar en la cocina de La Casona Española (Villarrica, Chile).
De vuelta a San Sebastián, regentó durante años las cocinas del hotel Monte Igueldo. Decide entonces trasladarse a Madrid, donde fue jefe de cocina del famoso Casa Nicolasa y de Enriich en La Moraleja. Fue trabajando en la apertura de este clásico donde conoció a Sébastien Leparoux, quien años más tarde, en 2008, fundaría Lafayette.
Ese mismo año, en 2008, y hasta 2021, Pedro tuvo su propio restaurante, Muñagorri. Primero en Las Rozas, y luego en la calle Padilla de la capital, se hizo con el favor de crítica y público con su barra de pinchos y raciones y su elegante comedor. En este espacio destacó por su dominio del producto de temporada y se hizo con dos Soles Repsol, así como con el premio de Mejor Restaurante de Cocina tradicional concedido por El Mundo. También fue sede de la Escuela de cocina de Iñaki Camba . Al final del verano de 2024, una llamada de su amigo Sébastien, 20 años después, volvió a reunir a aquel excelente dúo que se conoció en Enriich.
Experimentado y con un amor intacto por la cocina y la mejor despensa, Pedro ha encontrado en Brasserie Lafayette un ecosistema perfecto para su vocacional profesión. Ultima algunas sorpresas para la carta de invierno, y su papel en la vuelta a los orígenes de Lafayette a favor de una cocina más sencilla, que da protagonismo a la materia prima, ha sido importante. Como él mismo explica, «Me siento muy feliz de estar en todo un templo de la cocina gala de Madrid como es Lafayette. Queremos dar a conocer a todos las bondades de la cocina más famosa del mundo, pero también una de las más desconocidas por el gran público a día de hoy. En Lafayette tenemos platos muy sabrosos, perfectos para compartir, modernos en textura y materia prima, pero con el poso de la mejor tradición gala. Por no hablar de la bodega del fundador, Sébastien Leparoux, plagada de grandes referencias y de etiquetas de proyectos independientes, igualmente increíbles, todos ellos sin sobreprecios exorbitados».