Las modificaciones declaradas inconstitucionales son los topes a la compensación de bases imponibles negativas, la limitación de deducciones por doble imposición y la obligación de integrar en la base del impuesto los deterioros de valor de sus participaciones fiscalmente deducibles por quintas partes en cinco años. No obstante, la sentencia también limita el impacto de las reclamaciones. La sentencia aclara que los topoes y la limitación de deducciones por doble imposición son aplicables a las grandes empresas, «mientras que la tercera puede afectar a cualquier sujeto pasivo del Impuesto de Sociedades».
El Alto Tribunal justificado su fallo en la sentencia STC 182/1997, en la que fija su doctrina sobre el real decreto que «no puede alterar ni el régimen general ni aquellos elementos esenciales de los tributos que inciden en la determinación de la carga tributaria, lo que debe valorarse en función del tributo concernido, los elementos a los que afecta la modificación y el alcance de esta». En este sentido, explica que la reforma de Montoro afecta a elementos como la base imponible y la cuota, «que son parte esencial de la estructura del impuesto» y resalta que, en el preambulo del decreto-ley, «los cambios introducidos son de relevancia».
La nota remitida por el Constitucional aclara que, por seguridad jurídica, la sentencia no tiene efecto retroactivo salvo para liquidaciones ya impugnadas y pendientes de resolución, igual que hicieron con la plusvalía municipal. Para ello, el Alto Tribunal ha aludido al «principio de seguridad jurídica» y excluye del efecto de la sentencia aquellas resoluciones que sean ya firme mediante sentencia judicial o por medio de resolución administrativa firme. «Tampoco podrán revisarse aquellas liquidaciones que no hayan sido impugnadas a la fecha de dictarse la sentencia, ni las autoliquidaciones cuya rectificación no haya sido solicitada a dicha fecha».
