Es Licenciada en Ciencias Económicas y Doctora en Ciencias Económicas y Empresariales por la Universidad Complutense de Madrid, además de Doctora en Economía por la Universidad de Minnesota (EEUU). Ha sido profesora en la Universidad Complutense, la Universidad de Minnesota, así como el IE University.
Además, Núñez ha sido consejera del Banco de España y miembro de su Comisión Ejecutiva desde 2018. En tal condición, ha participado en el proceso de toma de decisión de todas las materias ligadas a las competencias del Banco de España durante ese período. Desde su incorporación como economista en el Banco de España en 1987 ha trabajado en las direcciones generales de Operaciones, Mercados y Sistemas de Pagos y de Economía y Estadística. De 2015 a 2018, fecha de su nombramiento como consejera del organismo, trabajó como asesora senior en la dirección general de Estabilidad Financiera, Regulación y Supervisión.
También fue directora general del Tesoro y Política Financiera entre 2005 y 2011. Entre 2012 y 2015, fue miembro externo del Consejo de TARGET-2 Securities en el Banco Central Europeo (BCE).
