En todo caso, Fernández cuenta con una reputada trayectoria académica en España y en el extranjero, como economista nacional e internacional. Es miembro del Consejo Científico del prestigioso think tank Bruegel en Bruselas, del Consejo Asesor del Instituto Español de Asesores Financieros (IEAF) y de la citada Fundación para la Investigación Financiera. También ha sido director del Servicio de Estudios del Banco Santander y economista principal del Fondo Monetario Internacional (FMI) y ha colaborado como experto para el Tribunal de Cuentas Europeo y el Parlamento Europeo. Fernández fue uno de los economistas que formó parte del Comité de Expertos para la Reforma del Sistema Tributario Español. Asimismo, Fernández es uno de los expertos que colabora regularmente con Foro Futuro, observatorio de tendencias económicas de El País y Cinco Días.