El juez Joaquín Aguirre sostiene que en la investigación han ido apareciendo indicios de prevaricación, malversación de caudales públicos y tráfico de influencias, que «dieron lugar a la apertura de diferentes piezas separadas», entre ellas a la pieza separada número 2, bautizada como ‘caso Volhov’. La malversación es uno de los delitos que han quedado fuera de la ley de amnistía que pactaron socialistas e independentistas.
En esta segunda pieza separada, en la que se investiga, entre otros, al empresario y exdirigente de ERC, Xavier Vendrell, el juez asegura que se produjeron presuntos desvíos de dinero público mediante concesiones de subvenciones irregulares a entidades deportivas.
En 2020 Aguirre abrió otra pieza separada, CATmón-Igman, en la que se amplió la investigación sobre a subvenciones concedidas y tramitadas, presuntamente de forma irregular, también por el Ayuntamiento de Barcelona y la Generalitat de Cataluña a la Fundació CATmón y a la Asociació Acció Solidaria Igman.
Por último, en junio de este año Aguirre abrió una nueva pieza por la presunta injerencia rusa, con la ley de amnistía ya en vigor, en la que señalaba a los expresidentes de la Generalitat Puigdemont y Artur Mas, entre otros, de delitos de alta traición y malversación
Sobre la solicitud del abogado de Josep Lluís Alay, Boye, que interpuso un incidente de recusación contra el instructor alegando que Aguirre tiene «interés directo o indirecto en esta causa» y al que acusa, textualmente, de una absoluta falta de imparcialidad, el juez se opone a apartarse.
Boye pedía su recusación haciendo referencia a las manifestaciones recogidas en el auto del 21 de junio por la que pedía incoar una pieza separada de la injerencia rusa, pero también a una conversación que presuntamente Aguirre mantuvo en el ámbito privado y de la que se hicieron eco los medios de comunicación, así como por sus declaraciones en la televisión pública alemana y por las manifestaciones que hizo durante el interrogatorio a Vendrell.
El juez recuerda que ha denunciado ante la policía la divulgación de una conversación privada como una interceptación ilegal y una manipulación.
Además, señala que, el hecho de que se presentaran dos recusaciones en un breve lapso de tiempo (una por la pieza CATmón y otra por la injerencia rusa) revela «la utilización de un instrumento legal para apartar de un caso al juez predeterminado por la ley debido a que este juez está llevando a cabo una instrucción que no es del interés del recusante. Por lo tanto, existe un fraude de ley».
Aguirre rechaza apartarse argumentando que la recusación se fundamenta en unas presuntas declaraciones «realizadas en el ámbito privado, que han llegado a manos de un medio de comunicación por cauces desconocidos y presuntamente ilícitos».
